提出了许多理论来修正，但目前最被信服的是平行宇宙理论。即如果时空旅行者杀死了自己的祖父，那么这个宇宙就出现了偏差，将不是时空旅行者所经历过的那个历史时空，等于以后所有的事情都会发生变化。这个解释虽然很合理，但也让不少人失望。因为不少人的时空旅行动机就是想回到过去，修正某个历史事件，这点倒是很类似后世的所谓穿越小说。但是祖父悖论和平行宇宙理论已经很残忍地说明了，这样的事情不可能发生。实际上除了平行宇宙理论之外，还有一个比较冷门的解释名为诺维科夫自洽性原则，他们认为如果时空旅行者回到过去妄图改变历史的话，那么必然导致两个结果中的一个，一是这件事无论如何都无法发生，即在时空旅行者想改变历史事件的时候必然有许多其他事件来阻止他；二是他改变这件事之后，历史会推演出更多的事情来修正这件事，导致历史必然发展下去。简单来说，历史就是一件命中注定的事情，时空旅行者是无法改变最终结果的。而《十二猴子》引用的原理就是诺维科夫自洽性原则，在电影中若有若无地宣扬了宿命论。
2035年的地球，人类在遭遇了一场可怕的瘟疫之后，只有1的人类在地底下苟延残喘。为了阻止当年那场瘟疫的发生，囚犯詹姆